企业架构
- 本部部门
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集团办公室（党委办公室） 党委组织部（人力资源部） 财务部（财务共享服务中心）
- 投资发展部 业务部（生产运营中心） 工程技术部（科技创新中心）
- 安全环保部 大数据中心 党群工作部（党委宣传部）
- 审计法务部（风控中心） 纪律监督室 派驻纪检组
- 商务中心
- 分、子公司
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南京港(集团)有限公司第二港务分公司 （南京港江北集装箱码头有限公司） 南京港股份有限公司 南京港(集团)有限公司新生圩港务分公司
- 南京港龙潭集装箱有限公司 南京港江盛汽车码头有限公司 南京港龙潭天宇码头有限公司
- 南京港龙潭天辰码头有限公司 南京通海集装箱航运有限公司 南京港机重工制造有限公司
- 南京港港务工程有限公司 江苏南京港投资管理有限公司 南京港资产管理有限公司（南京港(集团)有限公司生活服务中心）
- 南京中理外轮理货有限公司 南京港(集团)有限公司轮驳分公司 南京港船员劳务有限公司
- 南京海通船务有限责任公司 江苏南京港新沂港务有限公司
