2016年，集团加快重点项目建设进程，龙潭四期项目、港机重工项目、七坝多用途码头项目、汽滚码头项目等等集团重点项目建设取得突破性进展。
2016年，南京港股份公司与扬州奥克石化仓储和远东联石化精诚合作，全年中转137艘次48万吨，南京港成为中国重要的低温乙烯进口口岸。
2016年，集团党建工作取得新成效。在集团全体党员中扎实开展“两学一做”学习教育。开展“三比三争”活动、“8+X”制度体系建设，创新推进 “三个一”活动。规范党费收缴工作。党建创新案例分获二、三等奖，市委组织部两次对集团特色做法进行通报。
2016年，省市领导高频次调研南京港集团，港口影响力不断提升。圆满完成省委书记李强、市委书记吴政隆、市长缪瑞林等省市主要领导来港考察调研任务，赴集团调研的领导层次、到访频次均创近年新高。
2016年，集团主动融入上海港长江战略和宁波舟山港江海联运体系，与上海港、宁波舟山港、营口港、民生轮船公司等签署战略合作协议，与宜宾港合资成立物流公司，深化与环渤海湾及东南沿海港口在航线、物流、资本及战略层面的多层次合作，集团开放经营格局初步构建。
2016年，集团“三枢纽一平台”发展定位取得新突破。南京到重庆及以上港口始发航线实现首航，开通“南京-营口”内贸集装箱直达航线、“南京-汕头”集装箱班轮航线、“宜宾-南京”集装箱直航快班等；坚持大客户战略和品牌战略，铜精矿中转量位居全国第一，进出口化肥吞吐量位居全国第一。
2016年，集团积极运作土地作价出资对龙集公司增资，股份公司成功发行股份购买龙集公司54.71%股权并募集配套资金3.355亿元，上市公司重大资产重组取得圆满成功。
2016年，集团稳妥推进滨江开发，滨江拆迁取得新突破。
2016年，集团经广泛征集意见和多层次研讨，完成《南京港（集团）有限公司“十三五”发展规划》、专项规划和重点企业发展规划。
2016年，集团在精心组织、反复商酌、充分听取职工意见和建议基础上，制定集团职工补充医疗保险改革总体方案，并完成决策程序，于2017年1月1日起正式实施。
南京港集团连续30年被评为“江苏省文明单位”称号，并首次获得南京市文明单位标兵荣誉称号。
2016年，截至12月26日凌晨3时，集团货物吞吐量突破一亿吨，集装箱吞吐量突破300万标箱，成为长江沿线第一家年货物吞吐量突破亿吨的港口企业。
“南京中理”品牌获世界500强企业认可，2016年，公司被OOCL中国有限公司评为2015年度 “优质物流供应商”荣誉称号。
2016年12月25日，集团举办以“风雨同舟三十载，睿智传承创新篇”为主题的《南京港报》创刊30周年座谈会。
2016年12月5日，中国港口协会科技进步奖评选结果揭晓，南京港机申报的《绿色环保双夹带式连续卸船机优化设计开发及应用》项目获得科技进步一等奖。
2016年10月26日，来自安盛船务的海轮“安吉1号”顺利靠泊南京港江盛公司滚装码头泊位，这是江盛公司自2014年开港以来首次迎来海轮业务。
集团按照相关通知要求，顺利迎接了6月3日国务院安委会安全巡查和7月26日中央环保督察组督察。
2016年7月26日，东亚海洋合作平台黄岛论坛在青岛开幕，标志着东亚海洋合作平台建设正式启动，开启东盟10国与中、日、韩海上互联互通新时代。会上，我港当选第一届理事会理事单位。
南京港集卡高速公路通行费免费项目于2015年12月22日正式启动，经过半年多开发、实施、运行，于2016年7月20日顺利通过验收。
2016年7月5日，长江南京以下12.5米深水航道工程实现阶段性目标，12.5米深水航道初步贯通至江苏南京，南京至长江出海口可全程通航5万吨级及以上船舶。
2016年6月，龙潭集装箱公司经过单位自评价、第三方评价、专家组评审和评审委员会评审，获评四星级“中国绿色港口”称号，成为全国第一家获评的内河港口。
2016年6月29日，中欧班列（南京-莫斯科）首开仪式在南京港第二港务公司举行。中欧（南京-莫斯科）班列是南京国际班列中首次以莫斯科为目的地的班列。
2016年6月17日，上海铁路局郭竹学局长、刘建堂副局长一行调研南京港集团。
2016年3月22日，中国石化在京召开“中国石化战略合作供应商会议暨合作协议签字仪式”。自中石化开展战略供应商评比以来，集团连续第三次入选中石化战略供应商。
2016年2月2日，以“慧·百年大港神韵，聚·时代强港梦想”为主题的南京港集团首届职工文化艺术节主题展示隆重开幕。
2015年12月31日，二公司首开上汽大众新疆项目集装箱专列，这标志着上汽大众新疆项目的集装箱物资首次在港实现专列化发运。
2015年，集团完成年度确定的主要生产经营指标，港口三大标志性指标均创历史最好水平，继续在长江港口企业中保持领先地位。
2015年12月20日，鼓楼区政府与南京港集团签订《购房安置协议书》和《南京港集团拆迁安置补偿协议书》。
由南京港机为福建一港口设计制造的国内最大、一次起重量高达55吨的带斗门机日前完成厂内生产，标示着南京港机设计的带斗门机又创下一新纪录。
2015年12月9日，南京港（集团）有限公司与江苏省电子口岸有限公司签订战略合作协议。
2015年12月9日，集团与弘阳集团合资成立“南京港弘阳物流发展有限公司”签字仪式隆重举行。
2015年11月18日，由南京市交通运输局和南京港集团共同主办的长江经济带港口物流区域合作联席会第二次会议暨2015’高层论坛在南京召开。
2015年11月17日，“泸-宁-日”集装箱航线首航仪式在南京港龙潭集装箱有限公司码头隆重举行。
2015年11月10日，随着南京－京唐航线的集装箱直达班轮“顺昆1”在龙潭转载178标箱离泊，实现了“南京－京唐”集装箱直达航线的突破，我港北方航线首次延伸到营口。
2015年9月30日，法国南特圣纳泽尔港驻华首席代表凯文一行赴龙潭港区参观访问。
2015年9月16日，试运行半年的南京港集团官方微信平台公众号——“江海门户南京港”正式开通。
2015年9月14日，国家质量监督检验检疫总局专家督察组郑育洪一行来港考察。
2015年8月24日，交通运输部副部长王昌顺一行检查龙集公司危化品安全管理。
2015年8月13日，随着南昌红谷隧道E6节沉管定位完毕，备受关注的南昌红谷隧道2015年度6节沉管浮运、定位工作圆满完成，比预计时间提前了整整2个月。
2015年8月12日，我港成功装运近年来最大的化肥出口船舶。该船载重吨为69128吨，船长225米,吃水10.8米，实际装载出口化肥50218吨。
2015年8月2日，中国国际经济交流中心副理事长、秘书长张大卫，国家发改委国土开发与地区经济研究所所长肖金成率国家调研组一行9人莅临南京港调研。
2015年7月21日，江苏省委书记、省人大常委会主任罗志军调研南京港。
2015年6月28日，交通部长杨传堂莅港调研。
2015年6月11日，法国南特圣纳泽尔港董事长执行主席让·皮埃尔等一行3人赴龙潭港区参观访问。
2015年6月10日，由南京港（集团）有限公司与太仓港集装箱海运公司共同携手打造的“南京－太仓－日本”集装箱航线开通仪式在龙潭举行，标志着“南京港－太仓－日本”集装箱航线正式开通。
2015年5月22日，集团总经理沈卫新、副总经理苏士雄一行前往唐山港进行参观考察并与唐山港口实业集团有限公司签署了两港《战略合作框架协议》。
2015年5月5日，运费下调后的首趟“南京-中亚”国际集装箱班列从南京北（站）南京港第二港务公司专用线缓缓驶出。此趟专列满载的41个大柜将从南京北（站）南京港铁路专用线出发,沿丝绸之路途经津浦线铁路，转道陇海线铁路，经兰新线铁路、北疆线铁路,从阿拉山口出境,最终到达中亚五国。
2015年4月28日，2015年庆祝“五一”国际劳动节暨表彰全国劳动模范和先进工作者大会在北京人民大会堂隆重举行。南京港集团港口机械厂技术管理部部长、高级工程师沙夕兰荣获全国劳动模范荣誉称号并接受表彰。5月1日，由中华全国总工会和中央电视台联合主办的《中国梦·劳动美》2015年庆祝“五一”国际劳动节特别节目中，沙夕兰的先进事迹以曲艺说唱的艺术表现形式搬上了央视舞台。
2015年4月23日，中共中央宣传部、中华全国总工会在中国网络电视台联合发布“中国梦·劳动美”最美职工。南京港集团港口机械厂技术管理部部长、高级工程师沙夕兰获评“中国梦•劳动美”最美职工。4月24日，中央电视台在《新闻联播》中播出了沙夕兰等“最美职工”的先进事迹。
2015年4月17日，交通运输部副部长何建中率交通运输部安全总监王金付、交通运输部水运局副局长杨华雄等人赴南京港调研。
2015年4月16，安达5号滚装船满载251辆上海大众商品车从江盛滚装码头起航开往武汉港，标志着南京港江盛公司与上海安盛船务公司合作的上海大众商品车南京江盛滚装码头上水业务正式开启。
2015年4月10日，南京区域港口群（南京港、合肥港、马鞍山港、淮安港）、唐山港与宜宾港战略合作签约仪式暨“宜宾—南京—唐山（环渤海湾）”、“宜宾—南京—日本、韩国”集装箱班轮航线开通仪式在南京港举行。
2015年4月7日，载重5500吨，荷载297TEU的“皖福达1号”轮缓缓驶离龙潭集装箱公司码头。该轮是目前从南京港始发到上游最大的内河集装箱船舶。
2015年3月25日，国家税务总局发布了符合适用启运港退（免）税政策的运输企业及运输工具名单，集团所属南京通海集装箱航运有限公司为此次新获批承揽启运港运营业务的24家运输企业之一。
2015年3月22日，南京港七坝港区多用途码头工程水上沉桩工程项目开工。项目建设规模为5个5000吨级泊位，水工结构均按1万吨级设计，设计年吞吐量550万吨（其中集装箱9.5万TEU），总投资约10.8亿元。
2015年3月18日，龙集公司与美国天泰(TEX)租赁集团签订的服务合约正式生效，这标志着龙集公司集装箱起退租业务正式运营。南京港由此成为长江内河首家集装箱起、退租点，实现了长江流域起、退租箱业务零的突破。
2015年3月9日，由国家安全监督管理总局和中华全国总工会主办的全国职业病防治知识竞赛评选结果揭晓，南京港集团被评为“全国职业病防治知识竞赛优胜单位”。
2015年3月2日，海关总署署长于广洲一行赴南京港龙潭港区调研外贸企业和口岸发展工作。
2015年2月11日，在全市安全生产暨消防工作会议上，南京港（集团）有限公司被评为“南京市安全生产优秀单位”，这是集团连续第三年获得该称号。
2015年2月9日，由全国政协常委、经济委员会主任周伯华任组长的全国政协经济委员会“长三角地区集装箱船河海联运”专题组到南京港龙潭港区考察。
南京港机厂开通的24小时售后服务热线试运行整满一个月。这是国内港机市场的第一条售后服务热线。
2015年，龙集公司设备保障部大型起重机械维修班荣获了由“中国质量协会”、“中华全国总工会”、“中华全国妇女联合会”以及“中国科学技术协会”联合颁授的“2014年度全国质量信得过班组”荣誉证书和锦旗。
2015年1月27日，集团与舟山港共同签署了《南京港集团、舟山港集团战略合作框架协议》。
2014年12月30日，由南京港集团等倡议发起的长江经济带港口物流区域合作联席会第一次会议在南京如期召开，四川、重庆、湖南、湖北、安徽、江苏等五省一市16个城市的相关企业负责人汇聚南京，共商合作发展大计。
2014年12月20日，集团与鼓楼区正式签署《南京港集团拆迁安置补偿协议书》。
2014年12月14日，巴西工会联合代表团来我港考察交流，并参观了龙潭集装箱公司。集团工会主席王建新陪同参观。
2014年12月10日，南京港口协会召开第六次会员代表大会，选举产生新一届理事会，推举南京港集团总经理沈卫新为会长、副总经理杨联宏为常务副会长。
2014年12月9日，集团与江苏省电子口岸公司签署战略合作协议，标志着双方战略合作迈开了坚实一步，为下一步网络通道链接、信息数据共享、试点项目及智慧港口建设等方面深入合作打下了坚实基础。
2014年12月3日，台湾港务股份有限公司董事长张志清一行赴集团龙潭港区交流考察。集团领导杨联宏、王建新等参加交流活动。
2014年11月23日至25日，由交通运输部水运局、中国港口协会主办，南京港集团承办的第十五届东北亚港湾局长会议及港口论坛在南京顺利召开，中日韩三国政府主管部门、研究机构、行业协会和港口企业代表出席了此次会议及论坛。在11月25日召开的东北亚港口论坛上，南京港集团法定代表人、总经理沈卫新结合东北亚港口发展形势作《港城共荣与转型升级背景下的南京港发展》专题报告。
2014年11月12日，股份公司与奥克股份、大连化工等公司开展战略合作，成立扬州奥克石化仓储有限公司，兴建国内最大5万方低温乙烯贮罐装置完工，进入现场整体调试阶段。
2014年11月5日，“长航平海”装载41166吨铁矿石靠泊我港龙潭天辰码头，标志着集团业务部与物流事业部共同开发的青岛宝邯全程物流业务取得了实质性突破，集团全程物流业务翻开了新的篇章。
2014年10月28日上午，南京市人民政府、泸州市人民政府举行《港口物流发展战略合作框架协议》签字仪式。会上，南京市市长缪瑞林与泸州市市长刘强签署《港口物流发展战略合作框架协议》。下午，在南京港龙潭集装箱有限公司码头举行“南京——泸州集装箱班轮”首航仪式。
2014年10月26至27日， 2014年江苏省港口职业技能竞赛在我港龙潭港区隆重举行。省交通厅副厅长梅正荣，集团领导沈卫新、章俊等出席并观摩竞赛。
2014年10月18日，南京港—唐山港集装箱直达航线首航仪式在龙潭集装箱码头举行。
2014年10月15日，南京长江航运物流中心建设推进会在我港召开。南京市市长缪瑞林出席推进会。集团领导沈卫新、章俊、杨联宏等参加会议。
2014年10月15日，南星海运株式会社所属的“恒裕”号集装箱货船从南京港龙潭港区驶向韩国釜山。此举标志着“属地报关、异地放行”通关新模式在南京港正式开启。
2014年10月10日，交通运输部水运局副局长杨华雄赴南京港股份有限公司检查和指导港口危险化学品安全专项整治工作。集团领导沈卫新、李锦等陪同检查。
2014年10月9日，江苏省总工会发文，港机厂“沙夕兰劳模创新工作室”被命名首批“江苏省示范性劳模创新工作室”。
2014年9月10日，交通运输部党组副书记、副部长翁孟勇莅临南京港调研新生圩港区公铁水多式联运运行情况。江苏省副省长史和平，省交通厅厅长游庆仲，集团领导沈卫新、刘凯军等陪同调研。
2014年9月1日，南京港龙潭港区启运港退税政策试点工作正式启动。从龙潭港报关出口，并由符合条件的运输企业承运，从水路转关直航运输经上海洋山保税港区离境的集装箱货物，实行启运港退税政策。
2014年8月27日，南京市市长缪瑞林等市领导考察了滨江风光带沿线建设进展情况，并对由轮驳公司修船厂承接的南京港5号码头趸船维修改造工程——“揽江台”工程，给予了高度评价。
2014年8月20日，财政部、海关总署、国税总局三部门联合发出 《关于扩大启运港退税政策试点范围的通知》，南京市龙潭港被列入启运港退税政策试点。自今年9月1日起，从龙潭港报关出口，并由符合条件的运输企业承运，从水路转关直航运输经上海洋山保税港区离境的集装箱货物，实行启运港退税政策。
2014年8月18日，装载40个尿素硝酸铵溶液灌装箱的海铁联运列车进入南京港二公司铁路专用线。这是自二公司开通铁水联运集装箱业务以来，首次接卸的铁公循环快运列车。
2014年8月17日，南京港集团与南京港华燃气有限公司签订了新生圩港区天然气供用气协议，这是南京港集团与港华燃气继龙潭港区提供LNG加气服务后的第二次携手合作。
2014年8月15日下午，瓦努阿图共和国总理乔•纳图曼率外长萨托•基尔曼、瓦驻华大使塞拉•莫利萨等人参观南京港龙潭港区。南京市副市长罗群，集团总经理沈卫新、副总经理杨联宏等陪同参观。
2014年8月7日，集团“南京-中亚”国际集装箱专列首发仪式在南京港二公司举行，标志着南京自此拥有通往中亚的铁路货运直通车。
2014年7月31日，轮驳公司完成了目前国内建造的最大汽滚船舶“金陵116”拖带任务，该轮一次可载运6700辆汽车。
2014年7月8日，交通运输部原部长黄镇东莅临南京港龙潭港区调研。市交通局局长陈雷、集团领导沈卫新、杨联宏等陪同调研。
2014年7月5日，装载着南京青奥会主转播商奥林匹克广播服务公司(OBS)13个集装箱的恒隆8号货船抵达龙潭港区。在龙集公司上下的共同努力下，平时需要半个月才能走完的流程，这些总货值805万欧元的转播设备仅仅用了3个小时就顺利出港，为青奥及时转播开辟了绿色通道。
2014年7月1日，集团物资管理信息系统正式投入运行，共14家基层单位上线运行，港机厂的ERP系统向集团指定用户开放，集团物资管理系统实现了全覆盖。
2014年7月1日，集团物资管理信息系统正式投入运行，共14家基层单位上线运行，港机厂的ERP系统向集团指定用户开放，集团物资管理系统实现了全覆盖。
2014年6月26日，中国民主促进会中央委员会副主席、四川省政协副主席、民进四川省委主委张雨东一行来港调研，省政协经济委员会副主任邢光龙、集团领导章俊等陪同调研。
2014年6月25日，由南京港集团和上汽安吉物流共同出资合作的南京港江盛汽车码头有限公司正式开业运营。
2014年6月19日，德国威州投资促进署代表团一行 5人来港访问。集团领导杨联宏陪同接待。
2014年6月18日，湖南远洋公司的集装箱班轮“润发3号”和南京通海集装箱公司集装箱班轮“大新66号”先后驶离南京港龙潭集装箱公司，标志着长沙-南京港-上海洋山港中转航线的正式启动。
2014年6月18日，湖南远洋公司的集装箱班轮“润发3号”和南京通海集装箱公司集装箱班轮“大新66号”先后驶离南京港龙潭集装箱公司，标志着长沙-南京港-上海洋山港中转航线的正式启动。
2014年6月12日下午，南京市副市长罗群到南京港调研并专题协调研究解决老港区迁建有关问题。市政府副秘书长叶荣生及市发改委、交通运输局、规划局等17家单位分管领导陪同调研。集团领导沈卫新、章俊、刘凯军、葛洪军、杨联宏、苏士雄、王建新等参加调研汇报。
2014年6月11日，新华社、中央人民广播电台、中新社等9家媒体以“黄金水道引领江苏沿江经济转型升级”专题采访报道南京港。
2014年5月28日，上海浦海航运暨江苏中海集运“南京—上海天天班”在南京港龙潭集装箱有限公司顺利首航。此次航班的加密，将加助港口服务向长江上游沿江及西部内陆沿线区域延伸。
2014年5月23日，南京市市长缪瑞林调研南京港，副市长陆冰、市政府秘书长林克勤陪同调研。集团领导沈卫新、章俊、杨联宏参加调研。
2014年5月19日，通集公司“鸿星169”轮向汕头港开航，标志南京—汕头航线正式开通，南京港“通海快航”内贸集装箱直达航线又添新通道，为汕头方向货源在我港进出提供了便捷条件。
2014年4月24日，南京市名牌推进委员会认定南京中理外轮理货公司“港口理货业务”服务产品为2013年度南京名牌产品。
2014年4月19日，南京港清江码头迎来了投产以来最大一艘外贸出口船舶——载重吨4.6万吨级的巴拿马船籍油轮“金色快航”成功靠泊在清江码头2号泊位准备装载3.5万吨柴油。
2014年4月11日，共青团南京港（集团）有限公司第一次代表大会顺利召开。南京团市委书记单晓峰，集团党委书记章俊出席大会。96名团代表共同审议了集团团委副书记冯忠良向大会作工作报告，并选举产生了集团第一届团委会。
2014年4月1日，龙集公司与厦门中外运裕丰冷冻工程有限公司正式签订《租箱服务承包合同》，该项目将于5月份正式启动，标志着南京港成为长江流域首个集装箱起、退租点，实现了长江流域起、退租箱业务零的突破。
2014年3月15日，惠宁迎来了公司开港以来最大的海轮“海神”号，该轮船长229米，载重达到81762吨。本航次是从澳大利亚装载36981吨的马钢炼焦煤到惠宁公司。
2014年3月6日，交通运输部水运科学研究院副院长刘占山一行来港调研集团信息化建设情况。集团领导沈卫新、杨联宏参加调研座谈会。公司党委书记，刘凯军任南京港（集团）有限公司纪委书记职务，李锦任南京港（集团）有限公司副总经理、党委委员。
2014年2月13日，在全市安全生产暨消防工作会议上，南京港（集团）有限公司荣获“南京市安全生产先进单位”一等奖，这是继2012年后集团第二次获得该称号。
2014年1月20日，南京港集团与上汽安吉物流合作签约仪式在宁举行。南京市政府副市长华静、副秘书长宋璐，上汽集团股份有限公司副总裁陈德美，集团领导沈卫新、章俊、杨联宏等出席签约仪式。
2014年1月17日，集团召开开展党的群众路线教育实践活动总结大会。市委督导十组组长尹其金出席大会并讲话。市委督导十组副组长欧阳怀霜及督导组其他成员出席大会。
2014年1月9日，南京市委常委、组织部部长徐金万，市委督导十组组长尹其金、副组长欧阳怀霜一行莅临南京港，调研集团第三阶段教育实践活动。
2014年1月7日，南京市副市长华静、市政府副秘书长宋璐一行莅港调研，集团领导沈卫新、姜庭贵、葛洪军、杨联宏、陈建昌、王建新陪同调研。沈卫新就集团基本情况及发展思路进行了介绍。
11月8-9日，由集团承办的长航系统第四届职工（港口）技能大赛（下游片区）在宁举行。南京港、马鞍山港、镇江港、芜湖港储、铜陵港等五家单位选手参赛。四个参赛工种南京港拿下轨道龙门吊、装载机、岸桥三项第一名。
3月11、12日，美国圣地亚哥港执行副总裁凯伦•波蒂厄斯女士一行访问南京港集团，双方就友好港口合作进行了深入交流。
2月23号，岳阳市委副书记、市长盛荣华和巴陵石化总经理朱建民一行来港考察，双方就南京港与岳阳港未来发展模式进行了深入探讨。