根据市委市政府要求，结合集团实际，港口集团确立了新的发展思路和工作目标。

总体思路是以我市加快建设长江国际航运物流中心为契机，围绕打造长江流域国际性、多功能、综合型江海转运主枢纽港，加快改制重组、战略联合和资本扩张，优化结构，完善功能，提升服务，多元经营，推动港城互动发展，把港口集团打造成为长江流域最具国际竞争力的码头营运商和综合型港口产业集团。

确立了三大发展目标：一是要保持南京港口集团在长江全线港口企业中的领先地位。建成长江集装箱转运中心、长江沿线最大的煤炭中转储存配送基地、石油化工中转基地和外贸散杂货中转基本港。力争2015年港口集团货物吞吐量达到亿吨，集装箱吞吐量达到300万TEU。2020年港口集团货物吞吐量达到1.8亿吨，集装箱吞吐量达到400万TEU。二是建成南京长江国际航运物流中心核心枢纽。“十一五”期跨“十二五”，全面建成龙潭港区，开发建设七坝港区和西坝港区，并对老港区进行技术改造，使港口规模和能力快速提升，充分发挥作为航运枢纽、物流中枢和承接国际资本与产业转移新平台的作用。三是打造南京都市圈大物流平台。通过重组改制和战略合作，创新资本合作及融资渠道，整合南京市及周边港口资源。积极推进龙潭保税港区建设，促进区港联动发展。充分利用南京港股份公司上市资源，加大资本运作力度，使南京港口资源效用最大化，构建具有较强国际竞争力的公共物流服务平台。从战略举措上，以建设长江国际航运物流中心作为南京港口发展的主攻方向，加快主枢纽港建设，重点打造以龙潭港区为依托的集装箱物流基地、以江北港区为依托的能源化工物流基地和以新生圩港区为依托的外贸散杂货物流基地，通过实施“五大战略”，着力推进“五个提升”，即：实施资源整合战略，提升港区功能；实施市场拓展战略，提升营销水平；实施资本运营战略，提升经营效益；实施多元经营战略，提升产业素质；实施管理创新战略，提升管理能力。